O Bioma Mata Atlântica é reconhecido por apresentar uma biodiversidade ímpar, refletindo em diferentes tipos de formações florestais. Na área da Bacia Hidrográfica do Rio Guandu, além dos dois tipos de florestas (Ombrófila Densa e Estacional Semidecidual), é possível identificar ecossistemas associados como as restingas e os manguezais.
A vegetação de restinga possui uma grande diversidade ecológica, sob influência marinha e fluvio-marinha, além de subdivisões de acordo com a distância da faixa litorânea. São classificadas em: Vegetação de Praias, Vegetação de Dunas, Escrube, Vegetação de Entre-cordões, Floresta Baixa de Restinga, Brejo de Restinga, Floresta Alta de Restinga, Floresta Paludosa e Floresta de Transição Restinga-Encosta.
Já o manguezal constitui um ecossistema peculiar, pois está localizado no encontro entre as águas salgadas do mar e as águas doces de rios, criando ambiente salobro em que se desenvolve vegetação especial adaptada à salinidade das águas. As principais características predominantes de tais áreas são: solo alagado, movediço, pouco arejado e com alta salinidade.
Entender a distribuição e composição dos tipos de vegetação na região é fundamental para o planejamento de ações que compõem o Projeto Integra Guandu.
