A pedologia da RH II, segundo o Banco de Dados de informações Ambientais (BDiA) do IBGE (2021), está dividida em sete ordens, quais sejam: Argissolos, Cambissolos, Latossolos, Planossolos, Gleissolos, Espodossolos e Organossolos. Os solos mais representativos na região são o Argissolos (34,37%), Cambissolos (25,81%) e Latossolos (16,76%), representando mais de 75% de toda a área.
O Argissolo é um tipo de solo que tem como principal característica a migração da argila presente na parte superior do solo para as camadas abaixo, devido, principalmente, à boa drenagem e ao clima mais úmido e de maior precipitação (EMBRAPA, 2018). Entre as várias unidades de Argissolos, na região analisada destaca-se o Argissolo Vermelho-Amarelo Alumínico (PVAa), com 25% da área estudada presente nos municípios de Barra do Piraí, Engenheiro Paulo de Frontin, Itaguaí, Mendes, Miguel Pereira, Nova Iguaçu, Paracambi, Piraí, Queimados, Rio Claro, Seropédica e Vassouras. Esse tipo de solo tem em sua composição uma maior concentração de alumínio, o que afeta o desenvolvimento de raízes e a atividade da argila presente. A presença expressiva de alumínio torna a produção agropecuária na região menor e dificulta o desenvolvimento de atividades relacionadas.
O Latossolo é típico de solos mais profundos (100 a 200 cm ou mais de espessura) devido ao desenvolvimento avançado pedogenético e, para as condições locais, é um solo que apresenta boa drenagem. Na RH II o Latossolo mais comum é o Latossolo Vermelho-Amarelo Distrófico (LVAd), com aproximadamente 12% da área total de estudo, ocorrendo nos municípios de Engenheiro Paulo de Frontin, Itaguaí, Miguel Pereira, Piraí, Rio Claro, Rio de Janeiro e Vassouras. Mesmo os Latossolos tendo uma maior espessura, o Latossolo Vermelho-Amarelo Distrófico é caracterizado por ter baixa fertilidade e, consequentemente, uma menor capacidade de desenvolvimento agrícola (EMBRAPA, 2018).
Por fim, a última unidade de solo representativa na região hidrográfica Guandu II é o Cambissolo Háplico Alumínico (CXa), que representa, mais ou menos, 19% da área da região, presente nos municípios de Itaguaí, Mangaratiba, Piraí e Rio Claro. O Cambissolo é um tipo de solo que tem grande variabilidade das suas características, desde profundidade até a composição química (EMBRAPA, 2018). Neste caso, o Cambissolo Háplico Alumínico está presente em relevos ondulados e montanhosos, com camada superficial sem ou baixa quantidade de material húmico. Além disso, por ser Alumínico, apresenta uma concentração maior de alumínio em sua composição, o que pode ser tóxico para vários tipos de plantas e plantios.