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Desde o início do período colonial do Brasil, o Bioma Mata Atlântica vem sofrendo devido aos impactos negativos de vários ciclos econômicos – extrativismo do pau-brasil, ciclos da cana-de-açúcar, de mineração, do café e da pecuária.
O histórico recente de ocupação do solo nas margens dos rios que constituem a Região Hidrográfica Guandu (RH II), inicialmente para uso agrícola e, posteriormente, para pastagens, implantação de indústrias, expansão urbana e extração de areia, é marcado pela grande pressão sobre os remanescentes florestais do bioma e pela redução drástica da vegetação natural desses ambientes.
Na RH II predominavam originalmente maciços florestais do Bioma Mata Atlântica, porém, com a supressão da vegetação nativa, a paisagem foi muito modificada, e hoje em dia, prevalecem pastagens e áreas degradadas.
O levantamento dos vetores de pressão atuais sobre os ecossistemas naturais existentes na região fazem parte das ações e estudos de campo que estão sendo realizados pelo Projeto Integra Guandu.