A Mata Atlântica abriga elevada biodiversidade, concentra monumentos, sítios naturais únicos e inclui a maior reserva da biosfera em área florestada do planeta, reconhecida pela UNESCO.
O Estado do Rio de Janeiro detém fragmentos importantes de Mata Atlântica e seus remanescentes florestais são divididos em cinco grandes regiões:
Região Norte Fluminense
Região Serrana Central
Região Metropolitana do Rio de Janeiro
Região Sul Fluminense
Serra da Mantiqueira
Uma das mais bem conservadas é a Região Sul Fluminense, que inclui as áreas florestadas dos municípios de Paraty, Angra dos Reis, Mangaratiba, Rio Claro, parte de Itaguaí e a porção leste do Rio de Janeiro, especialmente a Ilha da Marambaia. Essa é uma das regiões com a maior área de floresta contínua conservada do estado, que abriga várias unidades de conservação federais, estaduais e municipais. Parte dessa grande área está inserida na Região Hidrográfica do Guandu.
Essa região hidrográfica é composta por montanhas e escarpas da vertente oceânica da Serra do Mar (domínio serrano), pelos maciços ao longo da faixa costeira (Pedra Branca, Mendanha e Ilha de Marambaia) e pela extensa planície fluviomarinha (domínio da baixada), que forma a Baixada de Sepetiba.